El FILAC cuenta con un brazo operativo, la Secretaria Técnica, encargada de ejecutar los mandatos de los órganos de gobierno antes citados, en consulta y coordinación con el Comité Ejecutivo. Esta instancia operativa está dirigida por un Secretario Técnico o Secretaria Técnica.
En el marco de la Reingeniería del FILAC se han aprobado los siguientes Términos de Referencia para el Secretario Técnico o Secretaria Técnica que sustituye las versiones anteriores que fueron adoptadas en contextos hoy superados.
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